九寨沟是中国第一个以保护自然风景为主要目的的自然保护区。保护区森林覆盖率超过80%，藤本植物有38种，名贵中药有冬虫夏草、雪莲、雪茶、川贝母、天麻等。有74种国家保护珍稀植物，18种国家保护动物。
九寨沟国家级自然保护区有陆栖脊椎动物122种，其中兽类21种，鸟类93种，爬行类4种，两栖类4种。拥有国家级保护动物，一级有大熊猫、金丝猴、豹、白唇鹿、扭角羚、绿尾虹雉；二级有猕猴、小熊猫、林麝、斑羚、蓝马鸡、红腹锦鸡、红腹角雉、斑尾榛鸡、雉鹑、金雕等。
植物资源
植物资源-红桦树
红桦树
红桦树，落叶乔木，高达25米。喜光，树冠宽大，多为卵形。喜湿润空气，自然更新好，病虫害少，生长速度中等。树皮结红或红褐色，小枝柴褐色，无毛，有时疏生没腺点。生长在海拔1600-2700米的山坡。常与巴山冷杉、青杄等组成混交林。
植物资源-椴树
椴树
椴树（Tilia tuan Szyszyl.），别名：火绳树、家鹤儿、金桐力树、桐麻、叶上果、叶上果根，为椴树科、椴树属的植物，是中国珍贵的重点保护植物。高20米；树皮灰色，直裂；小枝近秃净，顶芽无毛或有微毛。有经济、食用、医用等多种价值。毛芽椴是其变种。
植物资源-红桤木
红桤木
红桤木又称赤桦，呈黄金色，也叫黄金桤木，喜温暖气候，生长在海拔2500米以上，由于地处低温环境所以生长缓慢，材质坚硬具有很好的弹性和韧性，对土壤适应性强，喜水湿，多生长于河滩湿地。春季开花，雌雄同株，柔荑花序单生于新枝叶腋。构造略同与赤杨。
植物资源-枫树
枫树
枫树为高大乔木，可高达29米以上，冠幅可达16米。花期4到5月，果期9到10月。随着树龄增长，树冠逐渐敞开，呈圆形。枝条棕红色到棕色，有小孔，冬季枝条是黑棕色或灰色。一到秋天则变成火红色，落在地上时变成深红。
植物资源-红松
红松
红松（Pinus koraiensis Sieb. et Zucc.）裸子植物，常绿乔木，高可达40米。小枝密生褐色柔毛。叶5针一束，粗硬，树脂道3个，叶鞘早落。球果卵状圆锥形，种鳞先端钝，向外反曲，成熟时种子不脱落。常同鱼鳞松、红皮云杉组成混交林。耐寒性强，喜微酸性土或中性土。
植物资源-四川红杉
四川红杉
四川红杉（学名：Larix mastersiana）为松科落叶松属的植物，为中国的特有植物。生长于海拔2,300米至3,500米的地区，属植物中较耐阴的种类，喜温凉、湿润气候，多生于沟谷、溪边或冷杉、云杉林缘，常与其它阔叶树种组成针阔混交林。
植物资源-黄栌
黄栌
黄栌（Cotinus coggygria Scop.）别名红叶、红叶黄栌、黄道栌、黄溜子、黄龙头、黄栌材、黄栌柴、黄栌会等，是中国重要的观赏红叶树种，叶片秋季变红，鲜艳夺目。黄栌花后久留不落的不孕花的花梗呈粉红色羽毛状在枝头形成似云似雾的景观。
植物资源-连香树
连香树
连香树为连香树科连香树属。落叶乔木，高10—20（—40）米，胸径达1米；有长枝和矩状短枝，该种为第三纪古热带植物的孑遗种单科植物，是较古老原始的木本植物，雌雄异株，结实较少，天然更新困难，资源稀少，已濒临灭绝状态。
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植物资源-领春木
领春木
领春木(Euptelea pleiosperma)，别名：云叶树、正心木和木桃，隶属领春木科领春木属植物，落叶小乔木，对于研究古植物区系和古代地理气候有重要的学术价值。属于国家三级保护植物。多分布于海拔720—3600m的湿润沟谷地两侧。
植物资源-冷杉
冷杉
冷杉（学名：Abies fabri （Mast.）Craib）常绿乔木，树干端直，枝条轮生。树皮灰色或深灰色，裂成不规则的薄片固着于树干上，内皮淡红色；一年生枝淡褐黄色、淡灰黄色或淡褐色。球果卵状圆柱形或短圆柱形，有短梗，熟时暗黑色或淡蓝黑色，微被白粉。
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植物资源-白皮云杉
白皮云杉
白皮云杉（学名：Picea aurantiaca）别名白皮杉（中国祼子植物志），为松科云杉属的植物，是中国的特有植物。分布在中国大陆的四川康定等地，生长于海拔2,600米至3,600米的地区。多散生，因采伐范围不断扩大，林木数量日益减少。
植物资源-冬虫夏草
冬虫夏草
冬虫夏草又名虫草，是我国民间惯用的一种名贵滋补药材，其营养成分高于人参，可入药，也可食用，是上乘的佳肴，具有很高的营养价值。九寨沟冬虫夏草含有脂肪、蛋白质、虫草酸、对腰膝酸痛，久病体弱、贫血等有良好的补益作用。
植物资源-三尖杉
三尖杉
三尖杉常绿乔木，高10～20m。树皮灰褐色至红褐色。小枝对生冬芽顶生。叶螺旋状排成2列，线状披针形，微弯下面气孔带白色。雄球花呈球形，具短柄，每个雄球花有6～16雄蕊 ，基部具1苞片；雌球花具长梗，生于枝下部叶腋，每苞有2直立胚球。
植物资源-雪莲花
雪莲花
雪莲花为世上珍贵的药材，于九寨沟县海拔3500米以上终年积雪的石缝中，因为外观类似莲花，故称雪莲花。藏族老百姓将雪莲花分为雄、雌两种，植物分类学上将雪莲分为雪莲亚属和雪兔子亚属两面三刀大类。九寨沟人常常代茶泡饮健身。
植物资源-地雪茶
地雪茶
地雪茶有青雪茶、白雪茶两种，生长环境一样，功效相同，产于九寨沟县海拔3000米以上的长时间积雪的柏树林中，常与雪地为伍，在雪中生长。对肺炎咳嗽、癫痫狂燥、神经衰弱、高血压疗效显著。九寨沟人常常代茶泡饮健身。
植物资源-川贝母
川贝母
九寨沟一带有川贝和暗紫贝母两种。贝母是药用植物中的“名门望族”，九寨沟一带有川贝和暗紫贝母两种。它性味苦甘凉口，能清肺散结止咳，并能治疗吐痰咯血、心胸郁结、肺痿、肿痈等病症。
植物资源-天麻
天麻
天麻（学名：Gastrodia elata Bl.），又名赤箭、独摇芝、离母、合离草、神草、鬼督邮、木浦、明天麻、定风草、白龙皮等，其根茎入药用以治疗头晕目眩、肢体麻木、小儿惊风等症，是名贵中药，与琼珍灵芝合用治疗头痛失眠。
植物资源-麦吊云杉
麦吊云杉
麦吊云杉（学名：Picea brachytyla）是松科云杉属的植物，国家二级珍贵树种、国家三级珍稀濒危保护植物。别名麦吊杉（四川），川云杉（中国植物图谱）为中国的特有植物，生长于海拔1,500米至3,500米的地区，常生长在山坡和针叶林中。
稀有动物
动物资源-大熊猫
大熊猫
大熊猫（学名：Ailuropoda melanoleuca），属于食肉目、熊科、大熊猫亚科和大熊猫属唯一的哺乳动物，头躯长1.2-1.8米，尾长10-12厘米。体重80-120千克，最重可达180千克，体色为黑白两色，它有着圆圆的脸颊，大大的黑眼圈，胖嘟嘟的身体，标志性的内八字的行走方式，也有解剖刀般锋利的爪子。是世界上最可爱的动物之一。九寨沟县多次发现大熊猫活动痕迹。
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动物资源-金丝猴
金丝猴
川金丝猴（拉丁学名：Rhinopithecus roxellanae）别名狮子鼻猴、仰鼻猴、金绒猴、兰面猴、洛克安娜猴、长尾子、线子、线狨、马狨、果然兽、果然狨、金线狨，属灵长目、猴科、仰鼻猴属。毛质柔软，为中国特有的珍贵动物，群栖息于2000-3000高海拔地区，植食，有垂直迁徙的习性，群居，有丰富的社群行为，有多种的喊叫声，为国家一级保护动物。
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动物资源-白唇鹿
白唇鹿
白唇鹿（学名：Gervus albirostris）：体形高大，体长约2米，通体被毛十分厚密，毛粗硬且无绒毛，毛色在冬夏有差别。鼻端两侧、下唇记下颌白色。在臀部尾巴周围有黄色斑块，因此当地人也称它为“黄臀鹿”。雄性白唇鹿具角，角的主干扁平，故也称其“扁角鹿”。是一种典型的高寒动物，栖息地海拔在3000-5000米，植被主要是高山针叶林和高山草甸。
动物资源-小熊猫
小熊猫
小熊猫（学名：Ailurus fulgens）外形像猫，但较猫肥大，全身红褐色。圆脸，吻部较短，脸颊有白色斑纹。耳大，直立向前。四肢粗短，为黑褐色。尾长、较粗而蓬松，并有12条红暗相间的环纹；尾尖深褐色。头骨高而圆；听泡相对扁平；眶后突不完全发育或缺失；矢状嵴低；具翼碟骨；上腭高耸拱形，中间凹陷；中翼骨腭缢缩；冠突明显呈钩状。
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动物资源-扭角羚
扭角羚
扭角羚（学名：Budorcas taxicolor）别名羚牛、金毛扭角羚、牛羚，属于牛科。体型粗壮，体长200厘米左右，肩高150厘米左右，体重250千克左右。雌雄均具角，角形弯曲特殊，呈扭曲状，故而称之“扭角羚”。尾短，四肢强健，前肢特发达，肩高大于臀高。它们体型庞大，长相奇特，似牛似羊似马，俗称“六不像”。
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动物资源-绿尾虹雉
绿尾虹雉
绿尾虹雉（学名：Lophophorus lhuysii）属鸡形目雉科，大型鸟类。体长约70-80厘米，体重约3600克。雄鸟羽毛由10种不同的颜色的锦绣所组成，在林中漫舞徜徉时，象彩虹一样灿烂夺目。常成对或小群活动，冬季有时也集成8-9只至10余只的较大群体。白天活动，喜欢出没于山脊地带，晚上栖于稠密的灌丛间或树的低枝上。
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动物资源-蓝马鸡
蓝马鸡
蓝马鸡（学名：Crossoptilon auritum）是珍稀名贵的禽类，羽毛美丽，可作装饰用，头侧绯红，耳羽簇白色、突出于颈部顶上，通体蓝灰色，中央尾羽特长而翘起。尾羽披散下垂如马尾，故名蓝马鸡。喜欢生活在高山寒冷地区，栖息于海拔较高的2000-3000米的丛密云杉、腊梅灌木丛间，秋后随着雪线下移，而迁到有水的山谷或开阔的灌丛草原。
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动物资源-林麝
林麝
林麝（学名：Moschus berezovskii）麝属中体型最小的一种。成年林麝体重体重6~9kg，体长630~800mm，肩高小于500mm。林麝的外形特征是雌、雄麝都不长角，雄麝的上犬齿发达，长而尖，露出口外，呈獠牙状。它的尾巴很短，四肢细长，蹄子比较狭而尖，耳朵长而直立。毛粗硬、曲折呈波浪状，容易折断，呈深棕色，成体不具斑点。
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动物资源-红腹锦鸡
红腹锦鸡
红腹锦鸡（学名：Chrysolophus pictus）又名金鸡，中型鸡类，体长59-110cm。尾特长，约38-42cm。雄鸟羽色华丽，头具金黄色丝状羽冠，上体除上背浓绿色外，其余为金黄色，后颈被有橙棕色而缀有黑边的扇状羽，形成披肩状。下体深红色，尾羽黑褐色，满缀以桂黄色斑点。雌鸟头顶和后颈黑褐色，其余体羽棕黄色，满缀以黑褐色虫蠢状斑和横斑。
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动物资源-雉鹑
雉鹑
雉鹑（学名：Tetraophasis obscurus）：体长44-54厘米。上体大都褐色，头顶与两侧深灰，头顶与枕羽中央有黑褐色纵纹。飞羽暗褐色，羽缘具白色和棕色端斑。中央一对尾羽灰褐色具白色端斑，外侧尾羽灰裼色具黑褐斑，近端部为深黑色，羽端纯白。颏、喉、前颈至尾下覆羽红栗色，胸腹褐灰色，胸羽具黑褐色纵纹，腹羽杂以淡黄和棕色。
候鸟资源
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候鸟资源-白喉红臀鹎
白喉红臀鹎
白喉红臀鹎（学名：Pycnonotus aurigaster ）为鹎科鹎属的鸟类。额至头顶黑色而富有光泽，耳羽白色或灰白色。上体灰褐色或褐色、尾下覆羽血红色。主要生活于森林、竹林以及开阔的乡间。属杂食性，但以植物性食物为主。
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候鸟资源-斑嘴鸭
斑嘴鸭
斑嘴鸭（学名：Anas poecilorhyncha）别名花嘴鸭、谷鸭、黄嘴尖鸭、火燎鸭等，属鸭科鸭属中型游禽。大型鸭类，体型大小和绿头鸭相似，体长50-64cm，体重1kg左右。雌雄羽色相似。通常栖息于淡水湖畔，亦成群活动于江河、湖泊、水库、海湾和沿海滩涂盐场等水域。
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候鸟资源-戴胜
戴胜
戴胜（学名：Upupa epops）是佛法僧目鸟类的一种。其下只有一属一种，即戴胜 （大戴胜已灭绝），主要分布在欧洲、亚洲和北非地区，在中国有广泛分布。根据DNA测序结果，部分学者建议将戴胜科和林戴胜科从佛法僧目中分离为戴胜目。
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候鸟资源-红嘴蓝鹊
红嘴蓝鹊
红嘴蓝鹊全身长约65厘米，上身蓝色，头黑色，嘴红色，尾十分长，发出多种不同的嘈吵叫声和哨声。常见并广泛分布于林缘地带、灌丛甚至村庄。指名亚种为留鸟于中国中部、西南、华南、东南和海南岛。以果实、小型鸟类及卵、昆虫和动物尸体为食，常在地面取食。
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候鸟资源-蓝额红尾鸲
蓝额红尾鸲
蓝额红尾鸲（学名：Phoenicurus frontalis）体长14-16cm。雄鸟夏羽前额和一短眉纹辉蓝色，头顶、头侧、后颈、颈侧、背、肩、两翅小覆羽和中覆羽以及颏、喉和上胸概为黑色具蓝色金属光泽。主要以甲虫、毛虫、蚂蚁、鳞翅目幼虫等昆虫为食，也吃少量植物果实与种子。
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候鸟资源-绿头鸭
绿头鸭
绿头鸭（学名：Anas platyrhynchos），又名大头绿（雄）、蒲鸭（雌），水鸭是家鸭的野生种。绿头鸭飞行速度可达到每小时65公里。鸭脚趾间有蹼，善于在水中觅食、戏水和求偶交配。喜欢干净，常在水中和陆地上梳理羽毛精心打扮，睡觉或休息时互相照看。
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候鸟资源-猫头鹰
猫头鹰
猫头鹰又称鸮、枭，是夜行性鸟类，分布在中国的猫头鹰大约有26种，均属于国家二级保护动物。大多数种类几乎专以鼠类为食，是重要的益鸟，而且猫头鹰是唯一能够分辨蓝色的鸟类。猫头鹰眼周的羽毛呈辐射状，细羽的排列形成脸盘，面形似猫，因此得名为猫头鹰。
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候鸟资源-松鸦
松鸦
松鸦，小型鸦类，体长约320毫米，外形与生活习性均似乌鸦，但羽毛鲜丽，整体近粉褐色，具白色下背、腰及喉羽。松鸦是一种森林鸟类，常年栖息在针叶林、针阔叶混交林、阔叶林等森林中，有时也到林缘疏林和天然次生林内，很少见于平原耕地。
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候鸟资源-棕背黑头鸫
棕背黑头鸫
棕背黑头鸫（学名：Turdus kessleri）为鹟科鸫属的鸟类，俗名克氏鸫。分布于印度以及中国大陆的西藏、甘肃、青海、四川、云南等地，主要生活于在西藏栖息于 3600-4500米林线以上的杜鹃和柳树灌丛中以及冬季下迁至海拔2100米处。
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候鸟资源-棕腹蓝仙鹟
棕腹蓝仙鹟
棕腹蓝仙鹟（拉丁名：Niltava vivida）小型鸣禽，善在空中飞捕昆虫，中等体型18厘米，上体蓝，下体棕色，具黑色眼罩，胸橘黄渐变成臀部的皮黄色。国内分布于四川、云南、西藏和台湾等地。国外分布于印度阿萨姆、泰国和越南等国。栖息于海拔1200-2300m的林中。